当律师会见时，犯罪嫌疑人对侦查人员的讯问过程提出质疑，律师应深入了解情况，通过合法、合理的途径维护犯罪嫌疑人的合法权益，确保刑事诉讼程序的公正进行。
在某起毒品犯罪案件中，犯罪嫌疑人王某在律师会见时称，侦查人员在讯问过程中存在疲劳审讯、言语威胁等不当行为，导致自己作出了不实供述。律师张某详细询问了王某关于讯问的具体时间、地点、参与人员、审讯方式等细节，并将王某的陈述认真记录下来。随后，张某向看守所了解王某的入所体检记录以及讯问期间的提审记录，初步核实相关情况。同时，张某根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，向侦查机关提出书面意见，要求对王某所反映的问题进行调查核实，并申请调取讯问过程的同步录音录像。在侦查机关未予积极回应的情况下，张某在审查起诉阶段，向检察机关再次提出该问题，提交了相关证据材料，要求检察机关对侦查行为的合法性进行审查。最终，检察机关经审查，认定侦查人员的部分讯问行为存在违法嫌疑，依法排除了相关非法证据。
从法律规定来看，《中华人民共和国刑事诉讼法》严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。犯罪嫌疑人有权对侦查人员的非法讯问行为提出申诉和控告，律师作为辩护人，有责任帮助犯罪嫌疑人维护其合法权益。律师在处理此类问题时，要通过合法途径收集证据，如向看守所、侦查机关调取相关材料，申请查看讯问录音录像等，以证明犯罪嫌疑人所反映问题的真实性。同时，要依据法律规定，向相关机关提出申诉、控告或申请，推动问题的解决。
律师建议在会见过程中，律师要认真倾听犯罪嫌疑人对讯问过程的描述，对其提出的质疑要高度重视，不要轻易忽视或否定。在收集证据时，要注意证据的合法性、真实性和关联性，确保证据能够有效支持犯罪嫌疑人的主张。在与相关机关沟通时，要以书面形式清晰、准确地表达意见和诉求，并留存好相关材料和沟通记录。此外，律师要持续关注问题的处理进展，及时向犯罪嫌疑人反馈情况，给予其信心和支持。如果问题未能得到有效解决，律师应根据案件实际情况，在后续诉讼阶段继续通过合法途径维护犯罪嫌疑人的合法权益。