三种不起诉类型的申诉程序主要区别在于申诉主体、受理部门和申诉期限。法定不起诉和证据不足不起诉，被害人不服决定的，在收到不起诉决定书后七日以内申诉，由上一级检察院负责捕诉的部门复查；七日以后申诉的，由作出决定的检察院负责控告申诉检察的部门审查。酌定不起诉中，被害人申诉程序与上述相同；而被不起诉人若不服，七日以内由作出决定的检察院负责捕诉的部门复查，七日以后由负责控告申诉检察的部门审查。
案例：在某故意伤害案件中，检察院对犯罪嫌疑人李某作出酌定不起诉决定。被害人赵某在收到决定书后第五日向上一级检察院申诉，被不起诉人李某在收到决定书后第四日向作出决定的检察院申诉。检察院分别按照相应程序，对赵某的申诉由上一级检察院负责捕诉的部门复查，对李某的申诉由作出决定的检察院负责捕诉的部门复查。
法律分析：不同的申诉程序设置是基于不同不起诉类型的特点和申诉主体的需求。法定不起诉和证据不足不起诉中，重点保障被害人的救济权利；酌定不起诉中，同时考虑被害人与被不起诉人的权益。明确的申诉程序规定，有助于规范司法行为，保障各方当事人的合法权益，维护司法公正和法律权威。
律师建议：当事人无论是作为被害人还是被不起诉人，在收到不起诉决定书后，若对决定不服，应第一时间咨询律师，了解自身享有的申诉权利和具体申诉程序。注意申诉期限，在规定时间内准备好相关材料，如申诉书、证据等，按照法定程序提出申诉，以确保申诉能够得到有效处理。律师在代理申诉案件时，要熟悉不同不起诉类型的申诉程序，为当事人提供准确的法律指导和帮助。